Der Harn der Tiere, der nicht von Einstreu aufgenommen wurde, wird Jauche genannt. Häufig fließt auch der Sickersaft des Mistes, Reinigungswasser aus Melkstand und Wasser von Reinigungsarbeiten in die Jauchegrube. Der Nährstoffgehalt wird durch solche Zuflüsse wesentlich beeinflusst. Der als Harnstoff gebundene Stickstoff wird durch Gärung in Ammoniak (NH3) umgewandelt. Nach ca. einem Monat Lagerung sind 80% des Harnstoffs umgewandelt:
  


Die Lagerung sollte unter Luftabschluss stattfinden, damit größere Stickstoffverluste auszuschließen sind. Außerdem sollte bei der Ausbringung bedecktes Wetter herrschen und eine sofortige Einarbeitung möglich sein. Eine Anwendung in die Kulturen bietet sich an, da die dünnflüssige Jauche gut von den Pflanzen abläuft und im Bestand vor Verdunstung geschützt ist. Um Verbrennungen zu vermeiden, sollte auch hier bedecktes Wetter herrschen.

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