Durch den Fermentationsprozess und die Zugabe von Co-Substraten verändern sich wesentliche Substrateigenschaften und damit auch Eigenschaften, die für die Anwendung des Gärrestes von Bedeutung sind. Durch die Fermentation verringert sich der TS-Gehalt gegenüber dem der Ausgangsprodukte, da die organische Trockenmasse in Abhängigkeit von der Verweildauer im Fermenter zu 30 - 60% abgebaut wird. Dies ist auf die Umwandlung des Kohlenstoffs in der organischen Substanz zu Methan (CH4) und Kohlendioxid (CO2) zurückzuführen. Je nach Ausgangsstoff, findet nur ein teilweiser Abbau statt, wie es z.B. bei ligninhaltigem Material wie es bei Mais, Gras, Bioabfall und auch Gülle der Fall ist. Fetthaltige und leicht vergärbare Substanzen werden dagegen vollständig abgebaut.



Durch diesen Abbau von organischer Substanz wird gleichzeitig Stickstoff freigesetzt, der dann als Ammonium vorliegt. Der Anstieg des NH4-Gehaltes gegenüber dem Ausgangmaterial beläuft sich auf 5 - 20%. Dies bringt den Vorteil mit sich, dass ein größerer Teil des ausgebrachten Stickstoffs in pflanzenverfügbarer Form vorliegt. Gleichzeitig steigt aber auch das Risiko von Ammoniakverlusten, so dass bei der Ausbringung die gleichen Voraussetzungen wie bei der Ausbringung von Rohgülle gegeben sein müssen.
Um eine verlässliche Nährstofffracht kalkulieren zu können, sollte regelmäßig eine Analyse des Gärrestes bzgl. der Pflanzennährstoffe durchgeführt werden.

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